Eesti Toiduainetööstuse Liidu kõrgeimaks organiks on üldkoosolek.
Üldkoosolek valib volikogu liikmed. Volikogu on 7 kuni 30 liikmeline organ, mis täidab põhikirjas sätestatud ulatuses üldkoosoleku ülesandeid. Volikogu juhib ja esindab liidu liikmete poolt valitud volikogu esimees või aseesimehed, kes koos moodustavad viie- kuni seitsmeliikmelise juhtkogu. Juhtkogu määrab juhatuse. Juhatus on üheliikmeline organ, kes juhib ja esindab liitu.
Eesti Toiduainetööstuse Liidu volikogu (alates 05.04.2018)
| Anne | Mere | HKScan Estonia AS |
| Asso | Lankots | Leibur AS |
| Heli | Loim | H.M.Seafood OÜ |
| Kaido | Salurand | Balbiino AS |
| Kaido | Kaare | Orkla Eesti AS |
| Katre | Kõvask | Tere AS |
| Luulea | Lääne | Coca-Cola HBC Eesti AS |
| Mai | Linnas | Eesti Leivatööstuse AS |
| Maido | Solovjov | Valio Eesti AS |
| Olle | Horm | Atria Eesti AS |
| Peeter | Võrk | Eesti Õlletootjate Liit |
| Reigo | Rusing | Balsnack International Holding AS |
| Rein | Hünerson | Kikas OÜ |
| Tiit | Sarv | Profexpo OÜ |
| Triin | Kutberg | Alkoholitootjate ja Maaletoojate Liit |
| Uno | Kaldmäe | Eesti Leivaliit |
| Veljo | Ipits | Salvest AS |
| Vladimir | Sapoznin | Dava Foods AS |
| Ülo | Kivine | Saaremaa Piimatööstus AS |
| Ülo | Rekkaro | Lunden Food OÜ |
Eesti Toiduainetööstuse Liidu juhtkogu (alates 05.04.2018)
Volikogu ja juhtkogu esimees:
VELJO IPITS, Salvest AS
Liikmed:
ASSO LANKOTS, Leibur AS
KAIDO KAARE, Kalev AS
KAIDO SALURAND, Balbiino AS
OLLE HORM, Atria Eesti AS
PEETER VÕRK, MTÜ Eesti Õlletootjate Liit
ÜLO KIVINE, Saaremaa Piimatööstus AS
Eesti Toiduainetööstuse Liidu juhataja SIRJE POTISEPP