Eesti Toiduainetööstuse Liidu kõrgeimaks organiks on üldkoosolek.
Üldkoosolek valib volikogu liikmed. Volikogu on 7 kuni 30 liikmeline organ, mis täidab põhikirjas sätestatud ulatuses üldkoosoleku ülesandeid. Volikogu juhib ja esindab liidu liikmete poolt valitud volikogu esimees või aseesimehed, kes koos moodustavad viie- kuni seitsmeliikmelise juhtkogu. Juhtkogu määrab juhatuse. Juhatus on üheliikmeline organ, kes juhib ja esindab liitu.
Eesti Toiduainetööstuse Liidu volikogu (alates 08.04.2021)
| Aivar | Aus | Premia Tallinna Külmhoone AS |
| Aivo | Varem | Saarioinen Eesti AS |
| Markus | Kirsberg | HKScan Estonia AS |
| Asso | Lankots | Leibur AS |
| Darja | Saar | Coca-Cola HBC Eesti AS |
| Jüri | Mallene | Paljassaare Kalatööstus AS |
| Kaido | Salurand | Balbiino AS |
| Kaido | Kaare | Orkla Eesti AS |
| Mai | Linnas | Eesti Leivatööstuse AS |
| Maido | Solovjov | Valio Eesti AS |
| Olle | Horm | Atria Eesti AS |
| Peeter | Võrk | Saku Õlletehase AS |
| Reigo | Rusing | Balsnack International Holding AS |
| Rein | Hünerson | Kikas OÜ |
| Tiit | Sarv | Profexpo OÜ |
| Krista-Maria | Alas | Alkoholitootjate ja Maaletoojate Liit |
| Uno | Kaldmäe | Eesti Leivaliit |
| Urmas | Jõgeva | Värska Vesi AS |
| Valdis | Noppel | Saaremaa Piimatööstus AS |
| Veljo | Ipits | Salvest AS |
| Vladimir | Sapožnin | Dava Foods AS |
| Ülo | Rekkaro | Lunden Food OÜ |
| Ülo | Kivine | Tere AS |
| Simmo | Kruustük | Nõo Lihatööstus OÜ |
Eesti Toiduainetööstuse Liidu juhtkogu (alates 08.04.2021)
Volikogu ja juhtkogu esimees:
VELJO IPITS, Salvest AS
Liikmed:
| Kaido Kaare | Orkla Eesti AS |
| Olle Horm | Atria Eesti AS |
| Ülo Kivine | Tere AS |
| Asso Lankots | Leibur AS |
| Peeter Võrk | Saku Õlletehase AS |
| Kaido Salurand | Balbiino AS |
Eesti Toiduainetööstuse Liidu juhataja SIRJE POTISEPP